生活污水、医疗废水和某些工业废水中含有大量的细菌、病毒、孢囊等，经传统的二级生化处理后，仅能去除90%左右的大肠菌，为了防止疾病的传播，在二级生化处理后还要对污(废)水进行消毒处理，然后在排放至受纳水体或作为他用。常用的污水消毒设备有二氧化氯发生器、次氯酸钠发生器、臭氧消毒器、紫外线消毒器等。
医院污水消毒工艺的设计要求：
1、医院污水处理应设置消毒设施，深度处理再生水必须进行消毒；污水的消毒程度应根据污水性质、排放标准或再生水要求确定；污水宜采用紫外线或二氧化氯消毒，也可用液氯消毒；消毒设施设计应符合现行的《室外给水设计规范》的有关要求。
2、医院污水采用紫外线消毒剂量应根据试验资料或类似运行经验确定；也可参照下列标准确定：
二级处理出水为15～22mJ/cm；再生水为24～30mJ/cm。紫外线照射渠的设计应符合下列要求：照射渠水流均布，灯管前后的渠长度不宜小于1m；水深应满足灯管的淹没要求；紫外线照射渠不宜少于2条，当采用1条时，应设超越渠。
3、二级处理出水采用二氧化氯或氯消毒时，加氯量应根据试验资料或类似运行经验确定；没有试验资料时，二级处理出水可采用6～15mg/L，再生水的加氯量按卫生学指标和余氯量确定。二氧化氯或氯消毒后应进行混合和接触，接触时间不应小于30min。