衰变池一般运行流程如下：

1. 关闭后两个衰变池，使废水进入第一个衰变池池体。
2. 当第一个池体达到极限水位，关闭其进水阀，同时打开第二个衰变池的进水阀。
3. 当第二个池体达到极限水位，关闭其进水阀，同时打开第三个衰变池的进水阀。
4. 在第三个池体达到极限水位前，对第一个池体的废水进行检测，达到清洁解控水平后，打开抽水泵进行排放。
5. 当第三个池体达到极限水位，关闭其进水阀，重新向第一个衰变池排放。
6. 抽水泵将经过充分衰变的放射性废水抽入医院污水系统，经污水处理后，排入市政污水管网。